超高速USB和PCI-Express的信令方案存在很大的差别。超高速USB不使用公共时钟架构。它在两个边带上都需要扩展频谱，还需 要接收端提供均衡功能。时间抖动的处理也采用了不同的方式。同时，这种方案也没有提供边带引脚用来进行连接/断开检测，链路 重置，电源管理控制或唤醒。
传输速度的增加给现有的USB 2.0电缆带来了挑战。超高速USB需要屏蔽差分对（SDP）电缆来确保信号完整性并最小化电磁干扰 。同时，电缆的最大长度也从USB 2.0的5m减少到超高速USB的3m。物理层的电子信令方案也从简单的双线制转变为一种双单工（dual-simplex）数据通路。这是通过完全分离的连接实现的，而不再 是现有USB 2.0中的双线接口。这样做的目的是能够在3m电缆上实现5Gb/s的传输速率。此外，虽然需要为满足电子信令方案而做出 更改，但主机却不用提供新的波形因数插头或插座；如果可能，在外围设备上也无须做出更改。
